Franciszek Ksawery studiował teologię w Paryżu. Po uzyskaniu tytułu magistra przez jakiś czas wykładał w College de Dormans-Beauvais. To tutaj poznał św. Piotra Fabera (1526 r.), a później (1529 r.) spotkał się ze św. Ignacym Loyolą. Razem postanowili założyć nową rodzinę zakonną. 15 sierpnia 1534 r. na wzgórzu Montmartre w kaplicy Męczenników złożyli śluby zakonne, poprzedzone ćwiczeniami duchowymi pod kierunkiem św. Ignacego. Następnie udali się do Rzymu, gdzie Franciszek otrzymał święcenia kapłańskie 24 czerwca 1537 r. Po święceniach, w latach 1537-38, apostołował w Bolonii.